El cultivo de arroz es muy importante en el rubro exportador de nuestro país. Además, es la segunda actividad agropecuaria en importancia que contribuye a la generación de los gases de efecto invernadero metano (CH4) y óxido nitroso (N2O). El arroz se siembra en primavera en secano y en la emergencia se inunda y permanece inundado hasta la cosecha, a fines del verano. Esas condiciones suponen un ciclo anual óxido (en invierno)- anóxico (en verano bajo inundación) que causa enormes cambios en la microbiota del suelo. Con la anoxia no sólo se activan procesos como la emisión de metano y óxido nitroso, sino también procesos únicos bacterianos como la fijación de nitrógeno gaseoso o la reducción de sulfato que repercuten en la calidad del suelo para la agricultura. Hemos medido el flujo de metano en campo por tres años consecutivos y comparado el metano total emitido con dos estrategias de riego diferentes. Hemos comparado el impacto de la intensificación reciente del cultivo sobre la diversidad y función de la microbiota del suelo.