En esta línea de investigación se aborda el estudio de los procesos bacterianos relacionados al cultivo de arroz inundado, una actividad agrícola de importante desarrollo en el país. Encontramos que la anaerobiosis producida por la inundación cambia sustancialmente la estructura de la comunidad de bacterias fijadoras libres de nitrógeno del suelo, aunque mantiene su diversidad y aumenta su actividad. En cambio, las bacterias metanogénicas, que se favorecen con la inundación del suelo durante el cultivo de arroz, no experimentan cambios aún después de cuatro años de pasturas en suelos secos, aerobios. Las bacterias endófitas (colonizadoras inocuas de tejidos vegetales) del arroz son muy diversas y algunas son difíciles de cultivar. Colonizan naturalmente las raíces y hojas compitiendo con las bacterias que se emplean como inoculantes comerciales para la promoción del crecimiento vegetal en gramíneas. También observamos que las características del suelo inciden sobre las bacterias endófitas que se establecen en la planta y que la inundación produce un recambio en las bacterias endófitas diazótrofas y en las productoras de sideróforos. Por otra parte, el glifosato y la atrazina están entre los principales herbicidas utilizados en Uruguay. Su uso creciente e intenso, asociado a una modificación importante en las prácticas agrícolas, puede afectar la calidad y actividad biológica del suelo. Los grupos funcionales bacterianos que son determinantes de los ciclos biogeoquímicos de los nutrientes del suelo, y creemos, pueden ser mejores indicadores para medir el efecto de una perturbación, como es la aplicación de herbicidas. En esta línea estudiamos la respuesta generada por la aplicación de glifosato y atrazina en la actividad y en la estructura de la comunidad de bacterias capaces de desnitrificar y de fijar nitrógeno atmosférico.