En esta línea se aborda el estudio del potencial de autodepuración de cursos de aguas superficiales y subterráneas. Se encontró que bacterias nativas del acuífero Raigón tienen la capacidad de eliminar el nitrato, uno de sus potenciales contaminantes, y que estas bacterias difieren según la zona del acuífero estudiada. Para su estudio se combinan herramientas de cultivo, con medidas de actividad y secuenciación masiva de genes relacionados a la reducción de nitrato y desnitrificación. Dentro de esta misma línea, también se ha abordado el estudio de bacterias degradadoras de atrazina (herbicida muy utilizado) a partir de muestras obtenidas de plantas potabilizadoras de agua de nuestro país. Se han aislado y caracterizado consorcios bacterianos que presentan esta capacidad.